ทิศเหนือ ติดตำบลม่วงงาม
ทิศตะวันออก ติดอ่าวไทย
ทิศใต้ ติดตำบลชิงโค
ทิศตะวันตก ติดตำบลรำแดง
สภาพโดยทั่วไปพื้นที่เป็นที่ราบลุ่ม และพื้นที่ชายฝั่งทะเลสาบบางส่วน
ตำบลวัดขนุน มีลักษณะภูมิอากาศค่อนข้างอบอุ่น อยู่ในเขตอิทธิพลของลมมรสุมตะวันออกเฉียงใต้ และลมมรสุมตะวันออกเฉียงเหนือ มีอากาศร้อนชื้นตลอดปี มี ๒ ฤดู ประกอบด้วย
ฤดูฝน เริ่มตั้งแต่เดือนเมษายน ถึง เดือนพฤศจิกายน
ฤดูร้อน เริ่มตั้งแต่เดือนธันวาคม ถึง เดือนมีนาคม
ฤดูฝน เริ่มตั้งแต่เดือนเมษายน ถึง เดือนพฤศจิกายน
ฤดูร้อน เริ่มตั้งแต่เดือนธันวาคม ถึง เดือนมีนาคม
