๖. ด้านทรัพยากรธรรมชาติและสิ่งแวดล้อม

- ทรัพยากรที่ดิน ตำบลวัดขนุนมีข้อจำกัดด้านศักยภาพของดินปัญหาการการกัดเซาะชายฝั่งโดยพื้นที่ที่มีการกัดเซาะรุนแรง ได้แก่ บ้านชายทะเล ม.๗,๘ 
 - ทรัพยากรทางทะเลและชายฝั่ง เนื่องจากตำบลวัดขนุนทีพื้นที่บางส่วนติดกับอ่าวไทยทำให้มีโรงงานอุตสาหกรรมเกี่ยวกับผลิตภัณฑ์จากทะเลปล่อยน้ำเสียลงแหล่งน้ำ อีกทั้งการทำประมงของประชาชนที่อาจจับปลาด้วยเครื่องมือผิดกฎหมาย อาจส่งผลกระทบต่อทรัพยากรทางทะเลชายฝั่ง 
- ทรัพยากรน้ำ ตำบลวัดขนุนมี คลองปะโอ เป็นแหล่งน้ำสำคัญของตำบล นอกจากมีบึง หนอง และอื่นๆ ประมาณ ๖ แห่ง